Gus Yahya juga dikenal dekat dengan Presiden ke-4 RI Abdurrahman Wahid atau Gus Dur.
Ia pernah ditunjuk menjadi Juru Bicara Presiden sewaktu Gus Dur berkuasa pada 1999-2001.
Setelah itu, Gus Yahya sempat aktif di PKB, tapi kemudian memilih lebih menekuni di bidang pendidikan.
Mantan Anggota Dewan Pertimbangan Presiden (Wantimpres) 2014-2019 ini kerap menjadi pembicara internasional di luar negeri.
Seperti pada Juni 2018, Gus Yahya menjadi pembicara dalam forum American Jewish Committee (AJC) di Israel.
Ia menyuarakan menyerukan konsep rahmat, sebagai solusi bagi konflik dunia, termasuk konflik yang disebabkan agama.
Pada 2014, Gus Yahya juga tercatat menjadi salah satu inisiator pendiri institut keagamaan di California, Amerika Serikat yaitu Bayt Ar-Rahmah Li adDa'wa Al-Islamiyah rahmatan Li Al-alamin yang mengkaji agama Islam untuk perdamaian dan rahmat alam.
Lalu ia juga pernah dipercaya menjadi tenaga ahli perumus kebijakan pada Dewan Eksekutif Agama Agama di Amerika Serikat-Indonesia yang didirikan berdasarkan perjanjian bilateral yang ditandatangani oleh Presiden Obama dan Presiden Jokowi pada Oktober 2015 untuk menjalin kemitraan strategis antara Amerika Serikat dan Indonesia.
(redaksi)