Selama di Bahrul Ulum, beliau pernah menjadi ketua kelas selama satu periode di Bahrul Ulum. Prestasi itu ditambah kedudukannya sebagai putra kiai-thariqoh di Pantura, tidak membuatnya angkuh, sombong dan dumeh, tetapi pembawaannya tetap kalem dan santun.
Setelah menyelesaikan pendidikan di Bahrul Ulum 1992, Gus Muwafiq sempat melanjutkan ke Pesantren Tebuireng Jombang, lalu pindah ke Pondok Pesantren Paiton Probolinggo, kemudian lanjut lagi belajar ke Pesantren Lirboyo Kediri.
Pada tahun 1994, beliau melanjutkan pendidikannya kembali dengan belajar di Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Sunan Kalijaga, jurusan Dakwah Islamiyah. Di Kampus putih, beliau menjadi aktivis, terutama di Pergerakan Mahasiswa Islam Indonesia (PMII). Puncaknya, beliau pernah menjabat sebagai Sekretaris Jenderal Mahasiswa Islam se-Asia Tenggara.
Sambil menjadi aktivis kampus ini, Gus Muwafiq menjadi santri kelana, dengan sowan dari kiai ke kiai. Termasuk beliau juga mendalami ilmu kanuragan (beladiri) dan sejarah Kebudayaan Nusantara.
Dalam mendalami kedua ilmu tersebut, Gus Muwafiq berguru kepada KH. Agus Maksum Jauhari Lirboyo alias Gus Maksum dan pada KH. Hasyim Wahid (Gus Im), Jombang, Cucu Hadratusyaikh KH. Hasyim Asy'ari.
Jadi Asisten Presiden Abdurrahman Wahid
Ketika KH. Abdurrahman Wahid (Gus Dur), terpilih sebagai Presiden RI, Gus Muwafiq diangkat menjadi asisten pribadinya. Melalui Gus Dur inilah, beliau mengaku banyak belajar baik agama, kebudayaan maupun teori sosial.
Dan, konon, ketika Gus Dur akan dilengserkan pada Mei 2001, beliau di depan pasukan berani mati, sendirian mengangkat mobil PANSER milik TNI dengan tangan kirinya. Peristiwa itu kemudian diabadikan oleh wartawan dan menjadi headline di Kompas.
Gus Muwafiq memiliki ciri khas bersuara lantang dan berambut gondrong. Soal rambutnya yang gondrong, dalam salah satu wawancara dengan media, ia menceritakan bahwa sudah sejak kecil membiarkan rambutnya gondrong. Dia bilang kalau rambutnya dipotong pendek sering meriang, alias jatuh sakit. Ciri lain, Gus Muwafiq adalah selalu mengenakan kaos oblong putih dengan bawahan sarung.